台大修課心得 - 生醫資訊學導論

課程綱要

課程名稱：生醫資訊學導論

授課教師：曾宇鳳

開課學期：110-1

授課對象：電機資訊學院 資訊工程學研究所

心得

教了什麼

• Sequence Analysis
  • 討論DNA/蛋白質序列對齊的問題
• Genomic Analysis
  • Genome sequencing 技術發展，從 pyrosequencing 到 NGS 再到 nanopore
  • 一些應用的介紹，像是 Microarray, CRISPR-Cas9 等
• Phylogenetics
  • 演化樹分析方式
  • multiple sequence alignment
  • 人類起源
  • 分子鐘
  • 建演化樹的演算法介紹 UPGMA, Fitch-Margoliash Algorithm
• Structural Bioinformatics
  • 蛋白質折疊問題
  • AlphaFold
• Databases
  • 介紹 NCBI database 的分類以及檢索方式

上課方式

英文授課，老師會在講完一個章節後用中文簡短 summary 重點。

遠距非同步上課，老師每週會上傳影片到 NTU COOL，自己上去看影片，有問題在影片下留言老師都會回覆

期中考皆為實體考試

考試作業

Midterm open book，考的大部分都是上課的內容，都不是太難

• Midterm 1 (30%)
  • 比較考計算（用手做 sequence alignment 之類的）
• Midterm 2 (30%)
  • 比較考概念，滿多感覺都是開放式答案的問題
• Paper Presentation (30%)
  • 可以分組報告或是自己一個人報告，我自己是覺得報 paper 還要分組有點麻煩所以一個人報
  • 報的題目是 Bioinformatics 2021 跟 phylogenetic 相關的論文 TIPP2: metagenomic taxonomic profiling using phylogenetic markers
• Online Attendance Record (10%)
  • 會檢查 COOL 的觀看記錄，有看影片才有這部分的分數

後記

因為沒有生物背景，我自己修這門課的期間就是一直去查各種生物的名詞，然後看網路影片把背景知識補上，跟資訊相關的知識像是 DP 或是怎麼建樹基本上都不難。

老師講的都滿清楚的，會從最基本的概念開始講，所以沒有基礎的人也能聽懂，個人覺得算是入門生醫領域還不錯的一門課。