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台大修課心得 - 生醫資訊學導論

課程綱要

課程名稱:生醫資訊學導論

授課教師:曾宇鳳

開課學期:110-1

授課對象:電機資訊學院 資訊工程學研究所

心得

教了什麼

  • Sequence Analysis
    • 討論DNA/蛋白質序列對齊的問題
  • Genomic Analysis
    • Genome sequencing 技術發展,從 pyrosequencing 到 NGS 再到 nanopore
    • 一些應用的介紹,像是 Microarray, CRISPR-Cas9 等
  • Phylogenetics
    • 演化樹分析方式
    • multiple sequence alignment
    • 人類起源
    • 分子鐘
    • 建演化樹的演算法介紹 UPGMA, Fitch-Margoliash Algorithm
  • Structural Bioinformatics
    • 蛋白質折疊問題
    • AlphaFold
  • Databases
    • 介紹 NCBI database 的分類以及檢索方式

上課方式

英文授課,老師會在講完一個章節後用中文簡短 summary 重點。

遠距非同步上課,老師每週會上傳影片到 NTU COOL,自己上去看影片,有問題在影片下留言老師都會回覆

期中考皆為實體考試

考試作業

Midterm open book,考的大部分都是上課的內容,都不是太難

  • Midterm 1 (30%)
    • 比較考計算(用手做 sequence alignment 之類的)
  • Midterm 2 (30%)
    • 比較考概念,滿多感覺都是開放式答案的問題
  • Paper Presentation (30%)
    • 可以分組報告或是自己一個人報告,我自己是覺得報 paper 還要分組有點麻煩所以一個人報
    • 報的題目是 Bioinformatics 2021 跟 phylogenetic 相關的論文 TIPP2: metagenomic taxonomic profiling using phylogenetic markers
  • Online Attendance Record (10%)
    • 會檢查 COOL 的觀看記錄,有看影片才有這部分的分數

後記

因為沒有生物背景,我自己修這門課的期間就是一直去查各種生物的名詞,然後看網路影片把背景知識補上,跟資訊相關的知識像是 DP 或是怎麼建樹基本上都不難。

老師講的都滿清楚的,會從最基本的概念開始講,所以沒有基礎的人也能聽懂,個人覺得算是入門生醫領域還不錯的一門課。

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